La facultad de ingeniería y arquitectura nació con la creación de la antes Universidad Unión Incaica en el año de 1983 con el nombre de Facultad de Ciencias Naturales y Alimentarias con la carrera de Ingeniería en Industrias Alimentarias.
Luego en 1995 ahora como Universidad Peruana Unión la facultad cambia de nombre a Facultad de Ingeniería y se crea las Escuelas Académico Profesionales de Ingeniería de Industrias Alimentarias, Nutrición Humana e Ingeniería de Sistemas
En diciembre del 2001 se crea la carrera profesional de Ingeniería Ambiental y fue en ese mismo año que se acordó autorizar a partir del 2002 el funcionamiento de las Carreras Profesionales en la Filial de Juliaca de la Universidad Peruana Unión siendo una de ellas la Carrera Profesional de Ingeniería de Sistemas. Durante este mismo periodo se realizó el cambio de denominación de la Escuela Académico Profesional de Ingeniería en Industrias Alimentarias por Escuela Académico Profesional de Ingeniería de Alimentos, todo esto a partir del 2003.
Ya en el 2003 se inició las actividades académicas de la carrera de Ingeniería Ambiental, fue en ese mismo año que se inició el funcionamiento de la Escuela Académico Profesional de Ingeniería de Alimentos en la Filial de Juliaca formando parte también de la Facultad de Ingeniaría.
La Facultad de Ingeniería y Arquitectura siguió creciendo y fue en el 2007 que se aprobó el funcionamiento a partir del 2008 de la carrera de Arquitectura y fue en ese mismo año que se aprobó el funcionamiento de la carrera de Ingeniería Civil en la filial de Juliaca para también iniciar su funcionamiento en el 2008.
Por la Facultad de Ingeniería y Arquitectura han pasado grandes personas que siendo dirigidas por el Espíritu de Dios han sabido administrar de acuerdo a los principios de la educación cristiana y llevado a la excelencia a aquellos estudiantes que en algún momento pasaron por las filas de esta gran facultad.
Distinguidos profesionales con visión de desarrollo académico han pasado por el cargo de decanos de esta facultad, tales como: el Lic. Santiago Leonidas Casamayor Rodríguez, la Dra. Leonor Segunda Bustinza Cabala, el Dr. Alfredo Matos Chamorro, la Msc. María Vallejos Atalaya, Dr. Julio Paredes Guzmán, Dr. Sócrates Quispe Condori y actualmente la Dra. Leonor Segunda Bustinza Cabala.